1. Прошиться стоковой прошивкой. <- самый правильный способ
2. Удалить рут тем же способом, которым и получил

В приложениях/программах такая опция в большинстве случаев присутствует. Если устанавливал архив из рекавери с SuperSu, удалить его можно в самих настройках приложения.
Я советую прошиваться стоком (официальной прошивкой) в таких случаях, самый безболезненный вариант.