Удалось это сделать при помощи iFunBox - на примере игры Fragger.
Открываем при помощи iFunBox в iPhone папку с игрой (var/mobile/Applications/*папка с игрой*/Documents) копируем файл score.dat и вставляем его по такому же пути в iPad. Наименование папок с игрой в Applications на iPhone и iPad отличаются.
Сейвы, я так понял, во всех играх лежат в папке var/mobile/Applications/*папка с игрой*/Documents и у каждой игры они называются по-своему.
На всякий случай не забывайте предварительно сохранить копию заменяемого.