зачем тебе рут удалять? он разве мешает? если надо какое-то приложение оно само у тебя доступ попросит, можешь не предоставлять. или можешь в настройках supersu отключить рут доступ. ну а для полного возвращения на заводскую прошивку надо прошить аппарат по этой инструкции:
Инструкция по установке KDZ прошивок на устройства LG через LG Flash Tool 2014
прошивки на твой аппарат можно взять
здесь. CIS это для стран снг по-моему прошивки, то есть для тебя.
Вот тема есть отдельная по перепрошивке твоего устройства, на английском:
How to Flashing LG G3 Stylus