Приложение пропадают потому, что без использования внешней, они ставятся внутрь (sdcard0), но стоит вставить внешнюю sd-карту, она именуется системой как sdcard0, а внутренняя становится вспомогательной sdcard1. соответственно, меняется путь.
В этом случае надо перенести установленный софт с одного носителя на другой. Либо через настройки\приложения, либо с помощью программ типа appinstaller, app2sd.