Одекс от деодекса отличается только структурой приложений. В одексе в каждом приложении исполняемый код вынесен отдельно в файл .odex, который валяется рядом с самим приложением. В деодексе этот код упакован внутрь апкшки приложения. Экономится пространство, это раз, ну и упрощаются модификации системных приложений, их можно проще менять. Минус деодекса, и то мифический имхо - то, что при первом включении аппарата после прошивки создаётся дальвик-кэш, поэтому аппарат долго грузится. Но это происходит один раз, и в дальнейшем всё работает одинаково. Ни на что больше это не влияет, ни на честный софт, ни на производительность. Просто если приспичит поставить модифицированное системное приложение (например, прикрутят русский поиск в номеронабирателе или исправят руссую полоску в контактах), то деодексированные приложения очень просто и удобно меняются под рутом без танцев с одекс-файлами.