Пропадут ли приложения после обновления прошивки на iPad?

Нет, всё должно сохраниться. При условии, что была произведена полная синхронизация с компом и после прошивки настраивать девайс из резервной копии, а не новым.

• Характеристики и обсуждение Apple iPad
• Характеристики и обсуждение Apple iPad 2
• Характеристики и обсуждение Apple iPad 3
• Характеристики и обсуждение Apple iPad 4
• Характеристики и обсуждение Apple iPad Air
• Характеристики и обсуждение Apple iPad mini
• Характеристики и обсуждение Apple iPad mini 2